特殊收入在计算加计扣除研发费用时，未作相应扣减

在研发过程中，不可避免会产生一些下脚料、残次品、中间试制品等，有些企业在取得这些特殊收入后，将其作为营业收入进行汇算清缴，在计算当年的加计扣除研发费用时却未作相应的扣减，仍以原来的研发费用基数进行扣除。

根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号）第七条第（二）款规定，企业取得研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品特殊收入，在计算确认收入当年的加计扣除研发费用时，应从已归集研发费用中扣减该特殊收入，不足扣减的，加计扣除研发费用按零计算。

例：A公司于2017年3月开展一项研发活动，11月停止研发并宣布研发失败。研发期间共发生费用1964036.73元，产生下脚料钢材87吨，未达研发目标标准的残次品器械6台，处置后取得收入共计2017080.36元。则2017年当年确认可加计扣除的研发费用为-53043.63元（1964036.73-20170803.36），为负数不足扣减。因此，此项研发活动当年可享受加计扣除的金额为零。